秦城监狱建于一九五八年，是五十年代苏联“老大哥”援助新生的中华人民共和国经济与国防建设的产物。当时，苏联与中国订立的援建项目共有一百五十七个，其中之一便是秦城监狱。但因秦城监狱属秘密项目，对外不公开，所以外人只知道苏联援建的项目是一百五十六个。
一九五八年，公安部组织在解放战争中被俘的国民党战犯到秦城农场劳动，劳动内容除真正的农场生产与建设外，还有一部分就是属于这个监狱及其周围环境的建设。据当事人回忆，他们当时看到的一个“正在施工”的工地，有着“很厚的围墙”，上面还架满“电网”；房子也修得“很讲究”。他们好奇地向带队的公安干部询问：“这是什么地方？”得到的回答是：“这里正在修建一所‘体育学院’”。当他们对工地高大的围墙和电网提出疑问时，有人又说：“这是很先进的‘体育学院’，是跟苏联人学的。”
的确，当时的秦城监狱，是由苏联专家设计的，共盖有四幢带审讯室的楼房，排号却为甲、乙、丙、丁---采取纯中国方式。楼房一律三层，砖结构，坡顶。每幢楼房单独成一个院落，楼前有一大片供放风用的空地。监室面积有二十平米左右，内有单独的洗手间。据民革中央监委、全国政协委员，在秦城监狱住了十五年的文强先生回忆，室内还有电器洗衣功能，坐式马桶和脚踏式冲水机关。 牢门是铁皮包的木门。房门的上方与厕所马桶齐腰部位都有“窥孔”，供哨兵对犯人二十四小时监视之用。
房内的常置设施只有一张距地面一尺左右的矮床。需要写“交待材料”时，才会由管理人员送进一张小学生式的单人课桌供使用。但也许是出于安全的考虑，凳子是永远没有的，床铺就是犯人平日坐的地方。室内所有永久性设施都被去掉了棱角，被打磨成圆形。铁丝、碎玻璃片、绳索甚至布条，以及易燃易爆物品---总之，一切可能被用来行凶、自杀、越狱的工具都在这里绝迹。
一般牢房内有一扇窗户，约有一平方米大，底层开在比一人加一只伸出的手还略高的墙面上，上层开在视线以上的位置。窗台向上倾斜，窗户向上向外开启，玻璃上涂有白色涂料。窗户共有三层：纱窗、铁栅和玻璃窗。通过向外开启的窗户，犯人看不到楼下院子里的情况，也看不到周围楼房的情况。但在有的地方可以望见远山和夕阳；大部分人可以看到一小块天空，在阴天的时候，那天空就如同一块有长方形井口的深井。但在高级囚室里，这样的窗户有两扇，且是磨砂玻璃。
在大约有三点五米的高高的天花板上，直接安有一个十五瓦的灯泡。按照前国务院副总理、中宣部部长陆定一的回忆，那模样就象一个“倒挂的小人头”，它的外面不仅罩着磨砂灯罩，罩外还有铁丝网罩，散发着暗淡的光。电灯的开关却在门外，由看守控制。
一九六七年，为适应“文革”中日益增多的犯人关押需要，中国人自己又仿照苏联工程师的设计，加盖了六幢监舍。排号顺延为戊、巳、庚、辛、壬、癸。与五十年代所盖的四幢加在一起，正好凑足“十天干”。
新建的牢房为钢筋水泥结构，监室五至十平米不等，盥洗台和便池同处一室。便池是蹲式的，需自己用水冲洗。牢门为双层：外面的一层为铁门，里面的一层为木门。门上除安装了监视的窥孔外，下方还有一个四方形的活动小门，用以送水送饭。其余设置，规格与高级监舍大抵相同。
直属公安部十三局
在行政建制上，秦城监狱自建成之日起，便隶属公安部十三局。其关押的对象按不同的时期也可分为三大类型： 第一类人来自敌对阵营，他们是国共内战时战败被俘的国民党战犯，军衔至少在少将以上。随着逐批大赦，这部分人越来越少，到一九七五年最后一批离开为止，秦城监狱已经不再有战犯留存。
第二类人来自“革命阵营”的内部，他们被视为有通敌、叛变或重大国际背景的异己分子，或者某个“反党集团”的主要成员，如最早进入的有“胡风反党集团”主要成员；文革中有“彭真、刘仁叛徒集团”主要成员；文革结束时的“林彪、江青反革命集团”主犯，以及中共建政以来历次党内斗争的被整肃对象。他们中党内职位最高的有中共党的副主席、政治局常委，如王洪文、张春桥；行政职务最高者有政府副总理、部长、省长，如陆定一、彭真、薄一波等；军衔及军内职务最高的有大将、总参谋长，如罗瑞卿、黄永胜等。另外还有一批特殊人物，那就是位卑权重的中共党的领袖（特别是毛**本人）的“秘书族”，如陈伯达、师哲、李锐、戚本禹和鲍彤。从最低职位来说，至少也在处级以上。
一九八九年天安门事件打破了秦城监狱历来被视作“中共高干的特殊学校”的惯例。它有史以来头一次容纳了政治见解不同的普通学生，以及形形色色的知识界文化界人物。正是这第三类人的大量进入，使秦城监狱成了一所名副其实的“政治犯监狱”。
在八十年代的体制改革中，随着“法制”秩序的逐步建立和完善，公、检、法系统也实行了体制改革。一九八三年六月，依照由公安机关负责侦查、拘留、预审，由司法行政机关负责改造的分工原则，公安部和司法部曾联合发出通知，将各地原来分别隶属司法、公安、农垦系统的监狱和劳改农场统一移交司法行政部门管理。但秦城监狱又属例外。据解释，根据“对敌斗争需要”，公安部门需要在全国范围内保留几个关押特务、间谍和其他要犯、知密犯的监狱。
武装、企业与学校---三位一体
在我国的司法字典中，监狱是人民民主专政的重要组成部分。毛**在一九六○年十月同美国著名作家斯诺谈话时就说道：“我们的监狱不是过去的监狱，我们的监狱其实是学校， 也是工厂或者是农场。”
一九六四年四月二十四日，他对公安部关于调查处理某一案件的情况的批示中又说：
“人是可以改造的，就是政策和方法要正确才行。”
根据这些精神，中国的监狱学者把中国监狱定义为“特殊的武装、特殊的企业和特殊的学校”。这“三位一体”，在理论上构成了中国式监狱的重要特征，也构成了秦城监狱的基本精神。但由于监禁对象与一般监狱不同，执政党的政策各个时期也不一样，具体到每一个犯人或一个犯人的不同时期，他们的感受又有很大的差别。
根据在秦城监狱住过的人描述，秦城监狱背面依山，两侧是果园，前面是农田和鱼塘。监狱围墙高五米，有三重大铁门。根据一九五四年颁布的《中华人民共和国劳动改造条例》对监狱管理的要求，不仅每栋监舍各有一个院落，互相隔离，整个秦城监狱院内被分为三个区域：即监狱区（其中分高级监狱区与低级监狱区）,管理工作区，监管人员及家属生活居住区。
在第一道大门内，设有岗亭。除本监狱工作人员和家属外，要进入秦城监狱的人，需在大门外向站岗的人出示由公安部十三局开具的通行介绍信（犯人家属称之为“条子”）才能入内。犯人入内后，首先被带到一间**房中，在那里留下包括鞋带在内的所有被认为不适宜带入囚室的随身携带物品，换上黑色的囚服，领取监狱统一发放的毛巾、牙具、脸盆、手纸、饭碗和匙子之类，除盛开水的搪瓷杯外，一应用品尽可能都用塑料制品。
在领取物品以后，犯人由一个监狱管理人员带路，进入他本人被分配的监区，并被移交给本监区的负责人。然后，这名负责人带他经过长长的甬道……
据目击者记述，这些甬道一面是墙壁，一面是一间一间外面上了大铁锁的牢房。原美国专家李敦白说，文革中，他开始入狱时所居住的低级监区，一条甬道上有十一间牢房。
进入自己的牢房后，监狱的管理人员会向他宣布监规。有人说，他们是直到这时才看到自己的逮捕命令的。当然，有更多的人迟至许多年后才看到逮捕令，或从来没有见过逮捕令，白白坐上几年的牢，然后“不予起诉”，回到你来之前的地方去。
在秦城监狱，办案人员和管理监狱的人员按规定也是严格分开的：前者只处理案情，他们被习惯地称为“专案组”。这是文革时留下的称呼。不过那时专案组的人员是由中组部和其他有关部门派人组成，后来则是由中央政法委员会牵头，公安、检察、司法三家联合派人组成的。后者则负责犯人的吃、住、健康。没有特殊情况，前者不允许进入牢房；后者不可以知道“案情”，包括他们朝夕看押者的名字。同样，他们也不能让犯人知道自己的名字。有名有姓的犯人，到了这里，都被用代号取代了。管理人员则只剩下职责分工的称呼，如“管理员”、“看守”、“监狱长”等等。
监狱管理人员被要求思想认识、言论行动与中国共**的要求保持一致；原则上不准打骂和污辱犯人人格；不准擅自回答犯人提出的问题；不准泄露国家机密和透露职工内部情况；不准损坏犯人的财物；不准接受犯人的贿赂或同犯人交换财物。如果发现哨兵有与犯人聊天的情况，他立即会被处以“关禁闭”的处罚。但文化大革命军队接管秦城监狱以后，这些规矩一度被打破。
文革中折磨犯人的方式方法多种多样，最简单的有罚站，不给犯人喝水，坐“喷汽式飞机”，打骂也是家常便饭。受惩罚的犯人还会被戴上镣铐，最严酷的是背铐。秦城监狱的建设者，原北京市公安局的副局长冯基平，在文革中就被戴上过这种镣铐。许多人在那段时间内致疯、致残、致死。一九七二年初，毛**下了一道指示，与监狱约法三章： 一、让犯人吃饱； 二、让犯人睡足； 三、没有病症时才可以审讯。
并责成监狱管理人员不仅要遵照执行，还要原原本本地将这个意思向犯人传达，征求犯人意见。从此，秦城监狱种种虐待犯人的行为才得到制止。
