自微软推出了windows xp后，很多朋友，特别是菜鸟们在安装windows xp时都遇到了一个难题，文件系统该选择FAT 32或NTFS，微软的建议选择NTFS，但二者有什么区别呢？请阅读下面的内容之后，定能根据自己的需要作出选择，下面的表1列出了windows中常用的两种文件系统，以及支持文件系统的操作系统。
一、文件分配表（FAT）
FAT文件系统是基于MS-DOS的计算机长期使用的文件系统版本，windows95/98/me和ms-dos都要求使用FAT文件系统。
而FAT32文件系统是FAT文件系统的增强版本，可以windows 95/98/ME, windows/2000/XP下使用，但windows NT不支持，这也就意味着，如果要实现 windows NT和windows95/98/me或ms-dos的双启引导，系统分区必须格式化为FAT文件系统。
　　在使用FAT文件系统时，有一些重要因素须考虑。
1、FAT命令约定
在windows NT/2000/XP环境下FAT文件系统支持长文件名，windows FAT分区对文件名有如下规定：
①文件名最多可有255个字符，包含全路径
②文件名必须以字母或数字开始，可以包含除了以下字符外的所有字符：/\[]:;|=,*?
③文件名可以包含多个空格
④文件名可以包含用点分隔开的多个扩展名
⑤文件名可保留大小写，但不区分大小写
2、FAT的安全性
FAT分区不能被windows NT/2000/XP提供的本地文件或目录安全保护，也就是说在FAT分区下，即使你是Administrator（管理员）也无法对文件分配权限。
3、FAT系统的其他考虑因素
①FAT文件系统的系统开销最小，小于1MB
②最大的FAT分区或FAT文件限制为4GB
③对于小于400MB的分区，FAT是最有效的文件系统，但随着文件数目的增加，性能将越来越低
④对于RISC（精简指令集计算机技术）计算机，FAT则是必不少的文件系统
二、windows NT文件系统（NTFS）
　　微软之所以建议使用NTFS就是因为对于windows NT/2000/xp而言，NTFSj是最有效、最安全、也是最稳定的文件系统，有人将NTFS分区的硬盘称作“金刚不坏之身”由此可见它的稳定必和安全性。
1、NTFS的命令限定
①文件名和目录名最多可有255个字符（包括扩展名）
②像FAT一样文件不区分大小写保留大小写仅有一个例外；运行于windows NT上的POSX应用程序区分大小写。NTFS允许同时存在仅大小写不同的两个同名文件
③文件名可包括除?"/\*|:字符外的所有字符
2、NTFS的安全性
NTFS支持数据集成所需的数据访问控制和所有者权限。基于windows NT、windows2000/xp的计算机在实现目录共享时，可以对共享指定许可权限，而NTFS文件和目录则不管是否都可以分配许可权限。
3、NTFS文件和分区大小
NTFS支持比FAT文件系统更大的文件和分区，在一般的硬件上（包括磁带机）最大的文件从4GB到64GB不等，NTFS的最大分区2TB，这是受到工业标准的限制。NTFS在格式化分区时将同时写入冗余信息，因此NTFS的系统开销较大。微软推荐使用最小的分区为50MB。
4、其他特点
之所以称NTFS为强大而灵活的文件系统，是因为它有很多有用的特点：
①支持文件压缩→文件压缩能将文本文件压缩大约为50％，将可执行文件压缩大约为40％（这对于硬盘小的用户有很大好处），我曾经将windows2000压缩后只有430MB。
②具有可恢复性→NTFS有很高的可靠性，它是一个可恢复的文件系统。NTFS利用事务日志记录所有文件和目录的自动更新。
③NTFS支持“热修复”（Hot Fix）的修复技术。如果由于硬盘上的坏扇区而产生读写错误，NTFS会将数据写到另一好的扇区，并将原扇区标为坏。
④支持Macintosh文件、支持文件索引等。
三、使用NTFS的注意要点
如果你决定使用NTFS时，以下要点值得你注意：
1、NTFS为每个用户都提供了一个独立的回收站（RecycleBin）。
2、虽然NTFS会为文件和目录都提供本地安全性但并不包括文件加密。
3、在NTFS分区上文件碎片将大减少，如果想清除文件碎片，只须将文件复制到另一个驱动器上，再它拷贝回原来的驱动器即可。只要原驱动器足够的可用空间，NTFS会将它放回到驱动器上一个连续的块中。
4、因为NTFS的系统开销很大所以绝对不能用NTFS来格式化软盘。
5、如果你重新安装操作系统，在安装过程中windows会提示你是否将硬盘格式化为NTFS，选择“是”即可。
6、如果你想在不格式化硬盘的条件下将现有的FAT分区转化为NTFS，windows提供了convert这个命令，格式为convert x:/fs:ntfs（x为将要转换的驱动器）。但必须注意的是，转换过程是单向的，没法将一个NTFS分区转化FAT，除非使用第三方软件，例如PQ分区大师等。