五、COMMAND.COM
COMMAND.COM是WINDOWS 9X中的DOS外壳程序(SHELL)，较DOS 6.22仅增加了部分内部命令，没有更新的东西。
IO.SYS对COMMAND.COM的处理则有了根本改变，当WIN 9X在CONFIG.SYS中加载EMM386.EXE驱动提供UMB时，COMMAND.COM的常驻部分装入HMA，暂驻部分装入UMB中(在DOS6.22中，COMMAND.COM只能将常驻部分装入HMA)，这将为DOS程序提供更大的常规内存，也不需要反复从磁盘中恢复暂驻部分，有效地提高了系统性能。当然，如果没有加载EMM386.EXE，系统不提供UMB，COMMAND.COM的暂驻部分就只能象DOS6.22那样置于常规内存的高端。
六、CONFIG.SYS和AUTOEXEC.BAT
WIN 9X中的CONFIG.SYS、AUTOEXEC.BAT的作用与DOS的一样，用于装配所有DOS实模式的驱动程序和应用程序，或者修改IO.SYS的默认配置。其中，CONFIG.SYS主要用于硬件配置，AUTOEXEC.BAT主要用于软件配置，其在启动过程中的使用参见IO.SYS一节。
WIN 9X启动后，这两个文件的配置作为全局设置始终保留在系统底层，决定着WIN 9X下所有的DOS、WIN 16应用环境。如果没有DOS全局设置，WINDOWS窗口下的DOS应用程序将使用WIN 9X的默认设置，当然也可由用户单独配置。注意，DOS软件需要的PATH、SET等环境设置可在各自窗口的属性中单独设置；16位的WIN 3.X软件需要的PATH、SET等环境设置只能在AUTOEXEC.BAT中设置。
WIN 9X新增了不少配置命令，使实模式DOS环境更便于优化，各配置命令参见系统目录\WINDOWS下的CONFIG.TXT说明，这里不再多说。 WIN 9X通过VXD(虚拟设备驱动)、DLL(动态链接库)等保护模式驱动程序统一管理和使用系统软、硬件资源，基本上不需要实模式程序支持。实模式程序主要是为支持一些老设备而保留的。实模式程序的存在使WIN 9X必须在保护模式和实模式之间频繁地转换，大大降低了系统性能，更损害了系统稳定性，所以应尽量避免在启动时装载实模式程序。
WIN 9X对DOS环境的缺省设置能满足大多数DOS软件需要，在完成WIN 9X安装后试着删除这两个文件中的内容非常必要。删除其中的实模式程序，尽量实现WIN 9X的保护模式驱动，可使WIN 9X处于高性能、高稳定性的优化运行状态。
没有CONFIG.SYS、AUTOEXEC.BAT的DOS系统几乎一无所能，而没有它们的WIN 9X性能也许更好。在WIN 9X中它们主要是为支持原DOS软件和古老的设备而保留的。目前多数报章建议完全删除这两个文件，这其实很有问题，具体分析参见《电脑界·电脑高手》'99年10月号。
七、WIN.COM
WIN.COM是WINDOWS的GUI启动命令，从文件名可以看出这是一个纯粹的DOS命令，它也是GUI系统中唯一的COM文件。该命令是DOS和GUI的接口命令，主要用来加载保护模式的虚拟设备驱动程序VMM32.VXD(该程序是由多个子程序组合而成的，使CPU运行于保护模式下)，同时处理GUI启动中的各种问题，它控制着系统的整个调入过程。
WIN.COM提供的各类启动开关，主要用于确定系统故障，会使系统性能降低：
WIN [/D: [F][M][S][V][X]
/D 当WINDOWS不能正常启动时用于查找故障原因
:F 关闭32位磁盘存取模式，用于不支持32位存取的硬盘
等价于在SYSTEM.INI的[386ENH]节中设定: 32BitDiskAccess=FALSE.
:M 安全模式启动，等价于使用功能键F5启动
:N 带实模式网络支持的安全模式启动，等价于使用功能键F6启动
:S 禁止Windows使用在F000:0000与1 MB之间的ROM地址空间做为断点
等价于在SYSTEM.INI的[386ENH]节中设定: SystemROMBreakPoint=FALSE.
:V 指定启动时由ROM例程处理硬盘控制器中断
等价于在SYSTEM.INI的[386ENH]节中设定: VirtualHDIRQ=FALSE.
:X 禁止WINDOWS使用所有高端内存(从A000-FFFF)，解决内存冲突问题
等价于在SYSTEM.INI的[386ENH]节中设定: EMMExclude=A000-FFFF.
八、GUI启动
WIN 9X的GUI启动过程是非常复杂，更是微软公司的核心秘密，不为外人所知。而对普通用户而言，完全掌握这个复杂多变的机制也无必要，这里只对整个GUI启动机制做一个大致的说明。
1、GUI的配置文件
同所有复杂的系统一样，WIN 9X主要是根据系统配置文件调用各类程序来组合系统，保证系统正常运行的。WIN 9X的GUI系统配置文件以系统注册表为核心，以各系统目录下的INI文件为辅助配置。把握住系统配置文件，就掌握了系统的核心。
GUI系统的核心配置文件主要有5个，即：WIN.INI、SYSTEM.INI、SYSTEM.DAT、USER.DAT和POLICES.DAT。
WIN.INI和SYSTEM.INI据说是为WIN 3.X下的WIN 16保护模式程序保留的，WIN 3.X在这两个文件中的设置在WIN 9X中大部分已移入系统注册表中。WIN 9X下WIN 32保护模式程序主要通过系统注册表完成配置，不需要这两个文件的支持。这一做法规范了应用程序的开发和使用，消除了随意设置INI文件的混乱，便于WIN 9X统一管理系统，增加了系统的稳定性。但如果删除这两个文件，WIN 9X系统无法启动，并提示“找不到SYSTEM.INI文件”，这说明WIN 9X的启动还是离不开这两个文件的。
WIN.INI提供了WIN 16程序需要的字体设置、文件关联等种种信息，主要完成GUI下相应的环境配置，对WIN 9X应用没有太大影响，如果没有这个文件，WIN 9X将自动生成一个最简单的只有几行配置命令的WIN.INI。
SYSTEM.INI则不同，它是WIN 16的系统硬件配置文件，WIN 9X又为其增加了一些新设置，以保证WIN 16和WIN 32相互协调，使WIN 16可以调用VXD驱动程序，这一点在WIN.COM提供的系统调试参数中已有充分体现。另外GUI的外壳程序(SHELL，即界面程序)、鼠标器、显示器等驱动程序必须通过SYSTEM.INI设置才能加载使用，这些决定了SYSTEM.INI是绝对不能删除的。这充分证明了WIN 9X是一个WIN 16和WIN 32的混合系统，也揭示了WIN 9X系统先天脆弱的根本原因。
WIN.INI、SYSTEM.INI中的各项设置可参见《新潮电子精华本1》。
SYSTEM.DAT和USER.DAT即所谓的系统注册表文件，是WIN 9X的核心文件，WINDOWS就是通过它来管理整个系统的。SYSTEM.DAT保存着硬件配置及软件安装信息，USER.DAT保存着与用户的个人设置有关的信息，前者只能有一个，而后者可以有多个。这两个文件共同作用，包含了系统的全部信息，在使用注册表编缉软件(如REGEDIT.EXE)时，这两个文件共同被修改，不能分开。它们的损坏将导致系统彻底瘫痪，无法挽救。不幸的是，系统注册表非常脆弱，缺乏自我整理和维护机制，当系统运行一段时间后，用户往往只能走上痛苦的系统重建之路。
在WIN 95/96/97中，注册表的备份为SYSTEM.DA0和USER.DA0，保存在\WINDOWS下；在WIN 98中，WIN.INI、SYSTEM.INI、SYSTEM.DAT和USER.DAT四个文件被合并备份成一个文件RB00?.CAB，保存在\WINDOWS\SYSBCKUP下，默认保留5个。
每次GUI启动时系统会对备份文件自动更新，这种处理缺乏安全管理机制，难以保证备份文件不受错误信息干扰，多数情况下备份文件形同虚设。
令人遗憾的是，除了手工编缉注册表软件REGEDIT.EXE，WIN 9X没有提供更有效的注册表维护工具。在WIN 98提供了注册表检测软件ScanReg.exe和ScanRegw.exe，这是一个进步，但它只能处理注册表的物理故障，无法解决结构性问题，其可靠性又有多大呢？
博大的注册表完全应该用一本专著来剖析，在《新潮电子精华本1》中也有简单的介绍，这里就不做更深的解释了。
POLICES.DAT是微软的MSN(Microsoft Network)注册支持文件，该网络国内用户很少，该文件也很少使用。
尽管没有更直接的资料介绍，但是有充分的理由证明在WIN 9X的启动过程中，保存在\WINDOWS\INF目录下的各种INF文件是WIN 9X系统中最有力的支持文件。在启动系统的过程中，WIN 9X会适时地调用这些文件，以装载相应的驱动程序。如果没有了这些文件，WIN 9X也是无法启动的。另外，WIN 9X的PNP技术主要是通过INF文件实现驱动程序安装的。
2、GUI的启动过程
GUI的启动过程主要由三个阶段组成：WININIT.EXE阶段、16位保护模式启动和32位保护模式启动。
⑴WININIT.EXE阶段WIN.COM开始运行后，首先调用\WINDOWS下的WININIT.EXE，该命令在同目录下寻找WININIT.INI，如果有则按照该文件配制对系统文件进行重新调整或升级，以保证整个系统的驱动程序能够得到及时更新。这是WINDOWS系统支持PNP技术，实现系统驱动程序升级的主要途径。这个过程自然是在DOS状态下完成的。
⑵16位保护模式启动
WIN.COM开始执行后，调入\WINDOWS\SYSTEM下的VMM32.VXD，VMM32.VXD将处理器置于保护模式下，根据SYSTEM.INI和注册表的配置开始启动GUI系统的16位保护模式。这可以保证系统支持WIN16软件，更主要的是PNP BIOS(即插即用BIOS)规范只提供16位保护模式接口，以PNP为硬件技术核心的WIN 9X必须通过16位模式直接获得BIOS提供的硬件设备信息来配置系统，提高系统启动性能，否则对硬件的配置必须在实模式下从头开始。
GUI的启动首先加载WIN 9X的系统驱动程序，再从PNP BIOS获得硬件设备信息，先后加载PNP设备驱动程序VXD和支持非PNP硬件所需的全部16位虚拟保护模式驱动程序VXD，分配系统资源，避免设备冲突，然后初始化所有的驱动程序(包括系统驱动程序和设备驱动程序)，完成系统硬件配置。最后加载16位外壳组件USER.EXE、GUI.EXE、KRNL386.EXE等，形成WIN16的API，完成16位保护模式启动，此时，每个系统组件都已存在，但还不具使用界面。
⑶32位保护模式启动
完成16位模式启动后，系统调用32位的外壳程序资源管理器，16位内核一看到这一调用，就先自动加载VWIN32.386，由它加载三个32位DLL库文件：USER32.DLL、GDI32.DLL、KERNEL32.DLL，形成WIN32的API(这是WIN 9X的核心)，VWIN32.386完成这一任务后，将控制权还给16位内核，16位内核再将控制权交给32位内核，开始32位保护模式启动。这时系统加载并初始化所有32位驱动程序，这个过程与16位模式相同。
最后，运行GUI的外壳程序(该外壳程序由SYSTEM.INI中的[BOOT]节中“SHELL=”设置，默认是资源管理器)，完成GUI启动。
3、GUI启动过程中故障的排除
GUI系统相当复杂，相关的技术资料却极少，这决定了用户不能象在DOS中那样根据启动过程去排查故障。
WIN 9X对GUI的启动过程从未提供详尽的说明，仅在根目录下提供了一份启动日志文件BOOTLOG.TXT。该文件记录了启动过程使用的所有程序模块的加载情况，是解决系统问题的唯一依据。根据该记录可以全面了解GUI启动过程中发生的种种问题。
面对启动过程中的失败，主要有两个处理方法，一是用完好的源程序覆盖出现问题的程序，但其难点在于如何在各类软件包中找到那些完好的源程序，注意，直接调试、修复出现问题的程序在WIN 9X下是难以想象的；一是从启动配置文件(CONFIG.SYS、AUTOEXEC.BAT、WIN.INI、SYSTEM.INI和注册表)中删除调用有问题模块的命令。后者主要用于解决某软件卸载失败出现的问题。
在图形模式GUI下解决系统问题时多会受到种种限制，而纯DOS模式不受系统制约，是最后的系统之门(对于电脑高手来说，DOS仍是永恒的主题)。
WINDOWS系统的复杂性决定了排除那些莫名其妙的故障的难度，若对系统经过几次调整后仍未解决问题，最保险也是最快捷的办法就是重新安装系统。也许这是微软对用户唯一有用的建议。
在WINDOWS下重新安装系统，要保证产品的序列号一致，否则系统可能拒绝安装。
九、WIN 9X启动顺序小结
本文详尽地讨论了WIN 9X的启动过程，复杂的参数和技术分析模糊了其清晰的体系结构，现在对整个启动过程做一简单的概括，使读者根据启动过程中的现象能够相对准确地判断启动过程，更好地处理系统启动过程中的问题。
⑴系统加电启动，依次加载扩展卡(包括显卡等)、主板的BIOS程序(这与所有的操作系统(如WIN 9X、LINUX、UNIX、OS/2等)无关)，完成自检过程
⑵读入硬盘的主引导记录、分区引导记录，自动加载IO.SYS
⑶IO.SYS读取MSDOS.SYS配置，确定启动方式，根据CONFIG.SYS，进行硬件配置
⑷IO.SYS根据WIN 9X启动要求，自动加载必要的默认驱动程序(HIMEM.SYS、SETVER.EXE，IFSHLP.SYS等)
⑸IO.SYS调入COMMAND.COM，解释执行AUTOEXEC.BAT，进行软件配置
⑹IO.SYS进行必要的默认环境设置
⑺自动执行WIN.COM，进入GUI启动阶段
⑻执行WININIT.EXE，对系统驱动程序进行升级
⑼加载SYSTEM.INI中[BOOT]、[386ENH]、[DEVICES]等节设置的驱动程序
⑽根据SYSTEM.INI、WIN.INI和系统注册表进行系统组合、配置，各类启动时调用的VXD文件主要存放在C:\WINDOWS\SYSTEM下的VMM32和IOSUBSYS下
⑾加载SYSTEM.INI中的“SHELL=”指定的外壳程序
⑿执行系统注册表中的HKEY_LOCAL_MACHINE→Software→Microsoft→Windows→CurrentVersion下的Run、RunOnce中包含的应用程序(其中RUNONCE包含的程序只运行一次后就被自动删除，该键主要用于软件安装)，通常默认加载Internat.exe(输入法)、Systray.exe(音量控制)和WIN 98的ScanRegw.exe/autorun。
⒀当用户完成身份登录后，系统执行HKEY_CURRENT_USER→Software→Microsoft→Windows→CurrentVersion下的Run、RunOnce中包含的应用程序
⒁执行WIN.INI中的LOAD= RUN=加载的应用程序
⒂执行开始菜单中［启动］组包含的应用程序
十、结语
WIN 9X的启动过程终于介绍完了。由于笔者知识水平和眼界的局限，其中还是留下了许多空白就教于诸位高手。
诚然，这个过程本来是一个相当陈旧的话题，但是多数介绍仅限于局部技巧，且谬传颇多，比较系统完整的非常少见，这给广大电脑爱好者带来很大的困惑，这里不自量的献丑，实是纠正一些流传的误解，使电脑爱好者对WINDOWS 9X的启动过程有一个相对完整清晰的把握。
