1944年5月，日军为打通大陆交通线，在湖南地区发起了长衡会战。第9战区司令长官薛岳原本打算再调第10军担负长沙城防，但由于日军进展迅速，便决定长沙由第4军防守，第10军留在了衡阳。5月18日，日军攻占长沙，旋又夺取醴陵、攸县等地，箭锋直指衡阳。第10军于是担负起了保卫衡阳的重任。薛岳为增强第10军的战斗力，将驻防衡阳飞机场的暂编第54师拨归方先觉指挥，但10军此时仍未整补完成，其中第190师只有一个团有作战能力，另两个团仅有军官和士官，新配属的暂54师又只有一个团，日军逼近时又有两个营奉命离开衡阳，其名为一师，实则只有一个加强营的兵力。
方先觉在受领坚守衡阳的任务之后，即对所属四个师做出了部署，他命令位于湘江以东的190师和暂54师全部撤入衡阳，随后以所属第3师防守衡阳西北部（其中一团留置衡山），预备第10师防守衡阳西郊，第190师防守衡阳南郊，暂54师防守衡阳北郊。方先觉在部署完毕后，还特邀衡阳新闻界巡视全城，表示死守衡阳城的决心。对于军委会的询问，则表示要积极布置、固守衡阳，发扬第10军的优良传统，坚决抗击日军。
6月28日拂晓，已经包围衡阳的日军集中了第68师团、第116师团主力开始发起猛烈进攻。第10军在军长方先觉的指挥下，坚决抵抗日军的进攻。经五天激战，进攻的日军在付出惨重代价（其中第68师团长佐久间为人重伤）后仅仅攻克了张家山阵地，其余各处皆无进展。第11军司令官横山勇为重组战力，下达了暂时停止进攻的命令。在这五天中，第10军官兵英勇奋战，多名军官荣获忠勇勋章，方先觉也因指挥有方，于8月3日荣获三等云麾勋章一枚。
7月6日，位于芷江的空军第3路司令部转呈了一份来自军委会的电令。文中除了由蒋中正署名对第10军官兵的嘉奖令之外，还要该军务必再坚持两星期，以配合外围友军将进攻的日军包围歼灭。对于坚守两星期的这个命令，方先觉还是有把握的，他一面命令留置于衡山的第3师第8团归建，以增加防守兵力外。另一方面根据第10军目前的情况重新调整了部署。鉴于日军攻击重点在城西南郊，所以除预10师防线不变外，他命令第3师主力南移，在天马山、岳屏山、接龙山、五桂岭高地构筑二线阵地，第3师所留防务除一部由所留之第7团担负外，全部移交第190师接替，湘江西岸的警戒则以暂54师和190师分别负责。
7月11日，日军第68、第116两个师团第二次对衡阳发起进攻。第10军官兵坚持至15日，多处阵线被突破。方先觉于是命令预10师师长葛先才放弃第一线阵地，全部退入第3师构筑的二线阵地，并与第3师协同防守。由于第10军的防御正面缩小，其防守强度和火力密度反得到增强，致使日军战至18日已呈疲态，且多名大队长阵亡。于是横山勇被迫在19日第二次下达了停止进攻的命令。
衡阳守军奋勇作战的同时，外围友军的进展却极其缓慢。救第10军心切的李玉堂甚至亲临第62军监督作战，仍无济于事。此外第10军的补给起初能通过外围运进城内，但随着日军控制区域的加强和重火力的压制，补给线被切断了，空军的空投物资又大部落入日军阵地，使得衡阳守军情况及其艰苦。在7月27日和8月2日两天中，空军曾两次空投委员长蒋中正的手令，并对第10军许下援军必达的诺言。而当日军于8月4日第三次发起进攻时，始终旧未见援军，而此时距军委会下达坚守两周的命令已经过去一个月了。
8月5日，随着日军第58师团的投入，第10军压力越来越大。当天下午三点，方先觉在中央银行召开了最后一次军事会议，并就第10军的出路问题做了讨论，其中第3师师长周庆祥提出了突围的想法，但军参谋长孙鸣玉考虑到一旦突围，则负伤官兵无人顾及，势必惨遭日军屠杀，且以目前实力突围的成功率极低，其他军官见状皆作沉默，这次会议无果而终。
8月6日，遭到第58师团进攻的190师阵地被日军突破，师长容有略率领残部退守小西门及其以北城垣，依托城防工事来阻挡日军。随着战况的发展，衡阳市郊已无一处完土，双方战死者尸体到处皆是。如此日日夜夜，第10军官兵一直坚持了四十余日，而援军仍旧不见一点影子，官兵们从盼望到失望、由失望到绝望、由绝望而发展到对军事委员会的怨恨。当天晚上，第3师师长周庆祥本着替第10军官兵寻求生路的希望，来到军部向方先觉提出了停战的想法，并提出了保证官兵生命安全和为负伤官兵疗伤的意见。方先觉听后沉思良久，表示同意周的意见，但要周在一定范围内斟酌办理。随后周庆祥前往预10师师部，将此想法告之葛先才，并取得了葛的同意。
正当停战事宜准备之时，日军于8月7日凌晨经过长达两小时的猛烈轰炸后发起了总攻。守军阵地大部被毁，五桂山、接龙山阵地先后失守。中午时分，日军终于突入城内，第10军官兵仍在一片废墟中坚持作战。这时预10师28团团长曾京带着一些士兵跑到军部，想保护方先觉突围，但被其拒绝。方在命令曾京重返阵地继续作战后，深感战局已无法逆转，由此萌生了自戕之意。他在下令解散军部后，拔出右边腰后的左轮手枪，对着自己的太阳穴扣动了扳机。正在此时，方的行为引起了副官王泽洪的注意，他立即飞身上前打其手臂，最终子弹向斜上方穿过屋顶而出。紧接着，同在军部的周庆祥又走到方先觉身旁，请其为所部三四千伤患着想，不要轻生，终使方打消了自戕之意。
入夜后，方先觉派遣参谋长孙鸣玉、副官处长张广宽为代表前往天马山方向寻找日军指挥官联系停战事宜。8月8日凌晨，日军第11军司令部派遣情报参谋竹内实孝少佐前往第10军军部接洽停战。方先觉回复第10军绝无投降之意，同时还提出“保证生存官兵安全，并让他们休息；收容伤兵，并郑重埋葬阵亡官兵”的要求。竹内参谋则表示日军对第10军官兵的敬意，并同意方提出的要求。四时许，方先觉、周庆祥、容有略、葛先才、饶少伟等人被日军第68师团士兵送到位于五桂山的第68师团部后，方先觉再次提出救治第10军负伤官兵的要求，却被师团长堤三树男以缺乏医疗用品为由拒绝，以致第10军负伤官兵无人照顾，多在绝望中自杀，情景十分凄惨。（注：第10军高级将领在衡阳最后三天的情况有多种说法，笔者在搜集参考多种资料后，结合了方先觉、葛先才、陈国柱三人的回忆为写作依据）
8月8日下午十三时，方先觉等高级将领被日军拘押于城外天主教堂内，日军随即又强迫要求方先觉等人组建“先和军”，并任命方为军长，周庆祥、葛先才、容有略、饶少伟分任第1、第2、第3、第4师师长。11月19日，被囚禁达三个月之久的方先觉终于在伪衡阳县自卫司令王伟能（原衡阳县县长）等人的帮助下逃出了日军的势力范围，随后又经第19师派队护送，顺利抵达了重庆。
方先觉抵达重庆后，被任命为第36集团军（总司令李玉堂）中将副总司令，并受到了重庆各界人士的热烈欢迎，各大报纸亦争先报道方氏脱险经过。方先觉的第10军虽然最终在衡阳战败，但其坚决抵抗日军达47天之久的英雄气概得到了全国军民的钦佩。军事委为了嘉奖方先觉的贡献，于1945年2月19日授予其青天白日勋章，使其成为该勋章的第129位获得者。
1945年1月1日，方先觉调任青年军第207师（副师长李修业，参谋长尹呈佐，第619团团长张越群、第620团团长庞宗仪、第621团团长张维仁）中将师长。青年军是根据委员长蒋中正号召全国知识青年从军的口号而新近组建起来的，各师团以上干部皆由蒋中正亲自筛选任命，所调军官全部降级任用。如师长由集团军副总司令或军长降任，团长由副军长或师长降任，皆为当时之优秀人才。
方先觉抵达位于云南曲靖的师部时，207师已经基本组建就绪，惟独装备不足，其中尤以炊事用具奇缺。方先觉为解决部队的饮食问题多方奔走，终于得到了昆明警备司令杜聿明的支持，圆满解决了这个问题。此时之207师，官兵素质优秀，武器装备精良，全师1万1千余人，为全国陆军各师之佼佼者。
1945年4月，第207师接到了加紧训练准备投入反攻的命令，这使方先觉极其兴奋。但就在方积极训练部队准备再为抗战作贡献之时，军委会却于6月28日改命方为青年军第206师（副师长萧劲，参谋长王果夫，第616团团长赵云飞，第617团团长蒋公敏，第618团团长盛钟岳）中将师长。该师虽同属青年军，但位于陕西汉中，远离抗战前线。失去了再次奔赴抗日疆场机会的方先觉干脆乘此机会命第616团官兵在汉中古城北较场处修建“拜兵台”，以纪念在衡阳战役中为国捐躯的英烈们。抗战胜利之后，军委会又先后向其颁发了忠勤勋（1945年10月10日）和胜利勋章（1946年5月5日），以表彰方在抗战期间所作的贡献。
1945年12月，方先觉奉调第88军（副军长罗君彤，参谋长周芸繁，第62师师长戴朴，新编第21师代师长李文密）中将军长。该军担负徐州城防任务，受徐州绥靖公署直接指挥。1946年5月，第88军奉国防部命整编为第88师，原属两个三团制师缩编为两团制旅，方则升任整编第24军（军长李玉堂）中将副军长兼第88师师长。就在88军整编为88师时，徐州绥靖公署主任一职改由薛岳接任，方薛两人早在抗战期间就存在矛盾，此番再度共事真可谓冤家路窄。内战全面爆发后，徐州绥署所属各部皆投入战斗，惟独整88师被薛留在徐州，继续担负城防任务。同年8月，薛岳又抽调整88师所属的新21旅配属给整编第11师作战，以达到其削弱方部战力的目的。
1946年12月，驻军金乡的整新21旅突然遭到晋冀鲁豫野战军第3、第6纵队围攻，该旅旅长李文密连电告急。薛岳权衡利弊，终于决定以方先觉的整88师主力并配属新由台湾调来的整140旅以及整57师的一个炮兵营为东路纵队，刘汝明整68师三个团附张岚峰部为西路纵队，向金乡增援。方先觉受领任务后，于1947年1月1日先命整62旅186团一个营为先头部队占领距金乡60华里的鱼台作为前进据点。1月3日，整88师进驻鱼台，方先觉自率师部入驻城内，以整62旅集结在鱼台以北，整140旅集结在鱼台以西。入夜后，方先觉召开军事会议，并决定于4日拂晓开始沿鱼（台）金（乡）公路向金乡攻击前进，并规定整140旅沿公路左翼前进，整62旅沿公路右翼前进。
1月4日拂晓，各部按时发起进攻。整62旅沿途遭到解放军的顽强阻击，一直打到入夜后仍进展缓慢，方先觉被迫命令该旅撤回鱼台；而整140旅未遭阻击，一路突进至距金乡30华里的兴隆集。这一天晚上，师参谋长周芸繁考虑到鱼台距金乡距离过远，如第二天进攻不利仍旧拖延入夜后，有被擅于夜战的解放军歼灭的危险，于是他建议方先觉命令各部在5日休整一天，入夜后由鱼台以东地区向金乡迂回前进，以解李文密旅之围。方先觉考虑再三，认为周言之有理，便采纳了他的意见。方的如意算盘是准备在6日零时三十分向金乡迂回前进，于拂晓前抵达蔡园口以东地区，然后指挥两个旅齐头并进，一路猛攻到金乡，同整新21旅胜利会师。但他却未料到，就在部队按计划前进的一个小时前，解放军先发制人对整88师各部发起了猛烈的进攻。
最先遭到进攻的是整62旅，该旅旅长戴朴发现敌情后果断命令所属各部进入阵地作战，经五个小时的抵抗，整62旅挡住了解放军第3纵队的两次进攻，但己部也损失惨重，其中第186团全团已不足400人。而整140旅方面损失更为惨重，该旅旅长谢懋权被俘，旅直与第280团损失殆尽，仅279团因及时向鱼台靠拢而免遭厄运。
此时，方先觉根据战况认为解放军有围歼己部的企图，既然所部已无力解金乡之围，自也不能坐以待毙。于是他决定改攻为守，自率师部与整140旅279团、整62旅186团残部退守单县，实力尚存的184团留守鱼台。而解放军在挫败了整88师的东路援军后便集中主力改攻西路援军，并歼其大部。解放军在重创东、西两路两援军之后，见已达成了其战略目的，便撤走了围困金乡的部队。至于单县、鱼台方面则再未有战事发生。事后徐州绥署追究责任，薛岳先是将师参谋长周芸繁撤职，接着又以指挥无方、贪污腐化为名，要撤了方先觉的职务。而方也不甘示弱，认为解放军集重兵于金乡，而薛仅派两个旅去增援，明显送羊入虎口心存不良，双方互相控告到国防部。最终因薛有陈诚支持，方先觉于1947年5月被撤职查办。
政府在抗战胜利后因财政困难，无力顾及编余军官的生存问题，以致这些军官大多穷困潦倒，其中位于南京的编余将官们决定前往中山陵向先总理倾诉苦衷，以示对政府的抗议。当时同在南京赋闲的方先觉一方面同情这些军官，一方面也觉得自己为国为民征战半生，到头来却落到如此地步，实在无法接受，于是在1947年7月6日同那些编余将官们一起祭拜中山陵。在祭拜过程中，有两位因穷困致死的将领家属失声痛苦，其余将官受此影响纷纷流泪，于是一场祭陵事件演变成震惊全国的哭陵事件，并被新闻界大肆报道。
政府为平息这次事件，终于决定开始安置编余军官。方先觉因此被安排到陆军大学将官班乙级第四期深造。1948年1月，方又当选为国民大会江苏省代表。同年12月陆大毕业后派往陆军总司令部第1训练处（处长王敬久），担任中将副处长，协助襄理福建地区的补充兵训练事宜。1949年2月第1训练处改组为第1编练司令部（司令官王敬久），方也随之改任中将副司令官。同年7月又调任第6兵团（司令官李延年）中将副司令官。一个月后，第6兵团在福州被打散，方又调任福州绥靖公署（主任朱绍良）军官训练团中将团长，10月随部撤台。
1950年1月，方先觉调任东南军政长官公署（长官陈诚）高级参谋。4月以“国防部”（部长陈诚）中将参议的身份入革命实践研究院第十三期受训。8月又入园山军官训练团高级班第二期受训。1953年2月，方先觉调任澎湖防卫司令部（司令官刘安祺）中将副司令官兼防空指挥官。1954年6月带职入国防大xxx合作战系第三期深造。一年后再入石牌实践学社联战班第四期受训。结业后仍返原部，并协助继任司令官胡宗南襄理军务。1959年11月调任第1军团中将副司令官，期间共协助过三任司令官袁朴、唐守治、罗友伦。由于方先觉在台期间曾受到衡阳事件的抨击，以致影响仕途，始终无缘晋升司令官。至1962年1月调任联合勤务总司令部（总司令石觉）研究督察委员会主任委员，就此被打入冷宫。1969年1月1日以陆军中将的官阶退为备役。
方先觉退役后被聘任为“光复大陆设计研究委员会”委员，并于1976年再次荣膺“国大”江苏省代表。由于他的一位旧日同僚借用退休金投资失败而无力偿还，以致方先觉的晚年生活较为清贫，他的居所因年久失修几近于危房。曾经租住过方氏旧居的舒适存将军是这样评价这间老房子的：“一切都好，就是无法睡觉，此屋年久失修，老鼠成群，蟑螂成堆，老鼠夜间跑马，我可以忍受，蟑螂一夜数次在我脸上旅游，实在可恶，我年逾八旬，吃勿消，子珊是如何住了二十多年”？而方先觉则回应道：“每逢台风大雨，我比他更紧张，精神负担更重，万一倒塌，何以对适公”。由此可见方氏旧居是如何残破，这一情况一直到国民大会筹措资金为方氏筹建新居后才得到改观。退休之后的方先觉以打拳、习字、读书自娱。1983年3月3日因心脏病突发在台北家中去世。后葬于台北县汐止市五指山“国军示范公墓”中将2区。
方先觉是抗战中唯一投降的黄埔将领（黄埔军官抗战意志从没消蚀），所以几个月后他在军统衡阳站的接应下潜逃回来，蒋校长虽没杀他，但也无法再重用，仅调任青年军第207师师长。45年国民党六全大会上，国民党中央候补执行委员、中共秘密党员王昆仑，对方将军发起质询，喊杀声随之一片，气得蒋校长当场砸桌咆哮。60年代在台湾，方将军也因投敌污点屡被点击。躲处可躲，辩无可辩。68年退役后，在校长面前抱膝痛哭失声，于蒋公的一声长叹中落发为僧，其心苦可见一斑。
家庭情况
方先觉原配周蕴华（上海人，2003年10月28日在上海去世，葬于上海浦东玫瑰园），续娶朴孝村（安徽蚌埠人，现住台北），共育有九男四女。其中周蕴华先后育有方略、方畯、方德生、方庆智、方庆信、方庆达、方莉莉（女）、方庆中、方晓梅（女），朴孝村先后育有方庆旭（女）、方庆元、方庆亨、方庆娴（女）。这些子女分别居住在上海、台北、乌鲁木齐、美国纽约、旧金山盐湖城、西班牙桑市等地。
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