用户系统信息：Mozilla/4.0 (compatible; MSIE 8.0; Windows NT 5.1; Trident/4.0; Mozilla/4.0 (compatible; MSIE 6.0; Windows NT 5.1; SV1) ; .NET CLR 2.0.50727; .NET CLR 3.0.4506.2152; .NET CLR 3.5.30729; InfoPath.2)

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iie.swf、fff.swf这两个swf文件到底是不是网马呢
文件名像，但是没什么内容

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这些怎么处理呢？？直接把文件删除就行了吗？

可以直接把而已代码删除即可，比如iframe之类的连接在源码中修改即可。
就是根据大大们提供的网马分析，在相应的页面找到恶意代码清除之即可。