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流感病毒有三种类型：甲型（Ａ型）流感病毒感染哺乳动物以及鸟类；乙型（Ｂ型）流感病毒只感染人类，疾病的产生通常较甲型病毒温和；丙型（Ｃ型）流感病毒只感染人类，并不会引起严重的疾病。
甲型流感病毒，包括上百种不同亚型的流感病毒。对于这些亚型的不同命名，来自于H和N的不同。
所谓H和N，是指甲型流感病毒表面的两大类蛋白质。H是红细胞凝集素(Hemagglutinin)，其作用像一把钥匙，帮助病毒打开宿主细胞的大门；N是神经氨酸苷酶(Neuraminidase)，能够破坏细胞的受体，使病毒在宿主体内自由传播。
根据H和N的形态，甲型流感病毒可由15种H型和9种N型进行排列组合，比如H1N1和H5N1等。即使是同一种甲型的流感病毒，也可能因为基因序列的变化，在病毒的传播性、致死率等方面出现很大差异。
造成1918年西班牙大流感的就是一种H1N1病毒。1918年以后，H1N1在人群与猪群中分别进化，可分别称之为人H1N1和猪H1N1。而此次新型的甲型H1N1流感病毒与猪H1N1病毒的关系最为密切。
